成立协同创新中心管理委员会、学术委员会和中心主任委员会。管理委员会负责中心重大事项的决策，制定政策，组织协调人、财、物等资源。学术委员会负责把握学术方向、创新任务与岗位设置、人员聘任与考评、自主创新项目审核、指导人才培养、推动国内外合作等。中心实行主任负责制，中心主任和平台主任组成主任委员会，负责中心日常运行管理、人员招聘、自主科研项目与经费管理、编写年度进展报告和接受评估等。

　　（1）岗位管理与绩效考核制度
　　中心按照 “统筹设岗、按岗聘任、竞争上岗、公开公正”的原则，实行全员聘任制。中心人员实行年度考核、动态管理，聘期结束后考核合格者可续聘，对取得重大成果的人员进行奖励；对未完成岗位目标或违纪人员予以解聘。

　　（2）科研协同机制
　　针对区域技术需求，通过设立科研项目、联合申报项目，有效整合科研资源，开展协同创新。定期召开学术委员会会议，研讨确定中心的发展战略、研究方向、目标和任务。

　　（3）交流合作机制
　　搭建学术研讨与科研合作平台，建立研究人员交流互访制度；积极支持中心科研人员参与国内外重大科技合作计划；吸引和利用国际优势科研资源参与协同创新。

　　（4）资源共享机制
　　搭建基础数据、科学数据、科研成果数据、文献等资源共享平台，建立仪器设备共用和公共技术开放平台，实现资源利用最大化。

　　（5）知识产权及成果管理机制
　　建立知识产权及成果管理办法，规范协同创新产生的专利申请、技术成果转让、奖励申报等工作。

　　（6）人才引进与培养机制
　　制定遴选标准、绩效考核办法和相关保障措施，吸引国内外优秀人才；建立优秀青年科研人员国内外学习与合作研究制度；完善研究生联合培养机制；促进学科交叉融合，全面提升中心总体科研水平。