“中心”按照“中心→创新平台→研究室→创新团队（PI）”的整体构架建设（如图所示）。

小麦玉米周年高产高效生产协同创新中心组织架构图

 　　其中：
　　1．盐碱地改良与土壤生产力持续提升创新平台：由河北农业大学牵头，参加单位包括山东省农业科学院、山东农业大学、山东金正大生态工程股份有限公司。
　　2．小麦玉米周年节本增效生产关键栽培技术创新平台：由山东农业大学牵头，参加单位包括青岛农业大学、河北农业大学、山东省农业科学院、山东登海种业股份有限公司和山东金正大生态工程股份有限公司。
　　3．育种技术创新与新品种培育创新平台：由山东农业大学牵头，参加单位包括中国科学院遗传与发育研究所、青岛农业大学、河北农业大学、山东省农业科学院和山东登海种业股份有限公司。
　　4．小麦玉米优异基因挖掘与种质创新平台：由中国科学院遗传与发育生物学研究所牵头，参加单位包括山东农业大学、青岛农业大学、河北农业大学和山东省农业科学院。
　　5．病虫草害综合防控创新平台：由山东农业大学牵头，参加单位包括中国科学院遗传与发育研究所、青岛农业大学、河北农业大学和山东省农业科学院。
　　6．小麦玉米周年生产的新型农机装备研发创新平台：由山东农业大学牵头，参加单位包括青岛农业大学和河北农业大学。

　　各创新平台研究方向和任务统筹安排，协同运行。每个创新平台可结合实际设立若干个研究室，以研究室为基本运行单位聘任PI、组建创新团队。在“中心”运行过程中，可依据研发任务需要增设或减少部分创新平台。

　　各创新平台以各参建单位相关国家重点学科及国家重点实验室、国家工程技术研究中心、国家工程实验室等科技创新平台为依托，采用相对灵活的方式与国内外优势院所、科研机构和企业开展校-校、校-院、校-所和校-企等模式的协作创新，充分整合国内外小麦玉米生产领域资源与力量。